Zirkón-obsahujúci prírodný kremičitan ZrSiO4, známy ako zirkón alebo hyacint, je v prírode široko rozšírený a môže sa pochváliť množstvom krásnych farieb od oranžovej po červenú. Od staroveku je považovaný za drahokam. Slovo „zirkón“ údajne pochádza z arabského slova „zarqūn“, čo znamená rumelka, alebo z perzského slova „zargun“, čo znamená zlato. „Hyacint“ pochádza z gréckeho slova pre „ľaliu“. Srí Lanka, ostrovný štát v Indickom oceáne, je bohatá na zirkón. Drahé kamene obsahujúce zirkón vo forme zirkónu sú známe už od staroveku.
V roku 1789 Nemec MH Klaproth pri štúdiu zirkónu zistil, že jeho fúziou s hydroxidom sodným, rozpustením ochladenej látky v kyseline chlorovodíkovej, pridaním uhličitanu draselného do roztoku, vyzrážaním, prefiltrovaním a premytím zrazeniny, varením zrazeniny s kyselinou sírovou a odfiltrovaním oxidov kremíka, horčíka vo filtráte nezistil žiadne filtre. Po pridaní uhličitanu draselného do roztoku sa objavila zrazenina. Táto zrazenina sa nerozpúšťala v alkalických roztokoch, ako je oxid hlinitý, ani nereagovala s kyselinami, ako je oxid horečnatý. Klaproth dospel k záveru, že táto zrazenina bola na rozdiel od akéhokoľvek predtým známeho oxidu a pozostávala zo zirkónu (nemecky zirkón). Čoskoro potom francúzski chemici de Morueau a Vauquelin potvrdili, že analýza MH Klaprotha bola správna. Latinský názov prvku je Zirconium, symbol Zr, v čínštine preložený ako zirkónium.
V roku 1808 sa H. Davy z Anglicka pokúsil rozložiť zlúčeniny zirkónia pomocou elektrického prúdu, ale neúspešne. V roku 1824 JJ Berzelius zo Švédska prvýkrát vyrobil kovové zirkónium redukciou K₂ZrF₆ draslíkom, ale nebolo dostatočne čisté. Reakčný vzorec je: K₂ZrF₆ + 4K=Zr + 6KF. Táto reakcia môže tiež použiť sodík ako redukčné činidlo. Až v roku 1914 dvaja výskumníci, Lely a Ham bruger, u holandského výrobcu kovových žiaroviek, získali čisté kovové zirkónium umiestnením bezvodého chloridu zirkoničitého a prebytočného kovového sodíka do dutej gule a jej zahriatím na 500 stupňov pomocou elektrického prúdu.
Úplne čisté zirkónium vyrobili až v roku 1925 holandskí chemici Anton Eduard van Arkel a Jan Hendrik de Boer rozkladom tetrajodidu zirkoničitého (ZrI₄). Zirkónium sa potom hromadne vyrába- zahrievaním chloridu zirkoničitého s horčíkom.
